Bioinformática II: Intensivo en R

Este programa corresponde a un curso avanzado en bioinformática usando el entorno y
lenguaje de programación R. Este curso busca incorporar en el alumno el pensamiento
complejo en análisis bioinformático, con fuerte énfasis en la estadística que subyace a las
herramientas utilizadas, siendo necesario para ello contar con un conocimiento básico en el
lenguaje.

Horario:

Lunes y jueves de 19:00 a 21:00 horas
a partir del jueves 13 de agosto

15 cupos disponibles

Curso modo no presencial
¡No te quedes fuera!

CLP$150.000

Consultar opción de pago: Pago Fácil o PayPal
8 Sesiones (16 horas)
Objetivo

El curso tiene como objetivo entregar herramientas fundamentales para el uso de R en análisis bioinformático, con énfasis en la exploración de datos masivos genómicos.

Requisitos

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Programa del Curso

8 Sesiones (16 horas)

Sesión 1

R y Rstudio – Repaso general

  • R y la bioinformática
  • R y genómica
  • R y otros lenguajes
  • Operaciones básicas en R
  • Como crear estructuras básicas en R:
    • Vectores
    • Conjuntos de datos
    • Listas
    • Data frame.
  • Vectores lógicos TRUE-FALSE
  • Operaciones básicas por columnas

Sesión 2

Fundamentos Estadísticos para la Bioinformática

  • Distribuciones de frecuencia
  • Distribución normal como goal standar
  • Aproximaciones a la normal I

Sesión 3

Principal Component Analysis

  • Análisis supervisados y no supervisados
    • PCA aplicado a datos genómicos

Sesión 4

Metagenómica

  • Análisis de micriobiota utilizando ribosomas 16S

Sesión 5

Transcriptómica

  • Introducción a la transcriptómica
  • DESeq-2
  • Limma
  • Diversidad de Genes – Entropía de Shannon.

Sesión 6

Resampleado - Anotación

  • Resampling method.
  • Anotación de genes: GO vs Ortología

Sesión 7

Metabolismo

  • Modelación matemática de modelos metabólicos.
  • Algebra lineal.
  • Optimización matemática en R orientada a metabolismo.

Sesión 8

Análisis Estadísticos Clásicos

  • Normalidad
  • Aproximación a la normal II
  • ANOVA – t strudent
  • Kruskall Wallis – Wilcoxson test
  • Mutual information

Facilitador

Felipe Ruiz  Bruzzone

Mauricio Fernández G.


  • Doctor (c) en Genómica Integrativa de la Universidad Mayor, actualmente cursando 4° año del programa. Realiza su tesis de doctorado en el área bioinformática ecológica, desarrollando análisis y modelamiento de datos de transcripción de genes para examinar el uso de energía a nivel celular y rasgos de historia de vida, en respuesta a estresores ambientales.
  • Conocimientos informáticos en Perl, R, sistema operativo linux, linea de comando, análisis de expresión diferencial, anotación funcional, estadística paramétrica, no paramétrica y análisis de redes. Además desarrolla de forma paralela una línea de investigación en filosofía teleológica.

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